El nombre cambió por el de Compañía de Reconocimiento hasta que se produce la reorganización del Cuerpo de Infantería de Marina de 1968 que llevó aparejada la creación del TEAR y su encuadramiento, en 1969, en la Agrupación de Desembarco con la denominación de Unidad de Operaciones Especiales (UOE). Su organización varía de la anterior al añadirse a las secciones de Reconocimiento y Asalto y de Escaladores Anfibios una de Zapadores Anfibios (buceadores de combate) que hasta entonces dependía del Grupo de Apoyo.

Un año después se produjo una profunda reorganización que implicó el desarrollo de la Plana Mayor y los servicios orgánicos, la unificación de la estructura de las secciones manteniendo la especialización de los zapadores anfibios y la creación de la Sección de Capacitación para actuar como escuela. Además, en 1970 se cambió la denominación de Sección por la de Estol -pequeños grupos escogidos de guerreros almogávares- que al ver incrementadas sus misiones pasaron a ser mandados por capitanes; no obstante fue en 1974 cuando se adoptó oficialmente la organización anterior en vistas a constituir una estructura operativa designada Unidad Especial de Incursiones Anfibias (UNESIAN).

En el año 1983, la UOE cambió su denominación por la de Comando Anfibio Especial (COMANFES) y su mando, que pasó a depender directamente del general jefe del TEAR (GETEAR), quedó establecido en teniente coronel. La disminución en las misiones de buceo, asignadas entonces a los núcleos de las cabeceras de las Zonas Marítimas, llevó a cambiar la especialización del Estol de Zapadores Anfibios por la de Operaciones Especiales que ya tenía el resto, conservando la Unidad su aptitud general para el buceo.

En 1992 vuelve a recibir la denominación de Unidad Anfibia de Operaciones Especiales o, simplificadamente, Unidad de Operaciones Especiales, manteniendo las siglas UOE en la actualidad y recuperando el escudo en el que una maza de guerra irrumpe desde el mar y golpea en tierra.

Desde que fue creada ha sido alertada en numerosas ocasiones destacando -entre las conocidas- su participación en la evacuación de Guinea Ecuatorial en 1969. Aseguró la retirada de las últimas fuerzas durante la cesión de Sidi-lfni al Reino de Marruecos, realizó tareas de reconocimiento de playas en el Sahara español y ha estado preparada para actuar en Guinea, Somalia, Yugoslavia, etc; en este último territorio se encuentra actualmente parte de uno de sus estoles, que se ha integrado en el Batallón Reforzado de Infantería de Marina (BIMAR) III que partió hacia Bosnia-Herzegovina el pasado 3 de julio para integrarse en la Brigada española de la Fuerza de Aplicación de Paz de la OTAN (IFOR).